Cơ sở của việc sửa đổi Nghị định này trước hết là do Nghị định 149 được ban hành trước khi Luật Quản lý thuế có hiệu lực nên một số quy định tại Nghị định không còn phù hợp với quy định của Luật Quản lý thuế. Thêm vào đó, bản thân Nghị định 149 cùng với 2 danh mục gồm 136 văn bản hướng dẫn hiện hành (thông tư, quyết định, công văn) đã rất phức tạp. Khối lượng văn bản hướng dẫn của Nghị định này là vô cùng lớn. Trong 4 năm thực hiện trung bình 1 tháng có gần 3 (2,8) văn bản ra đời. Đây thực sự là khó khăn cho các cơ quan quản lý, doanh nghiệp. Do vậy, việc dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định 149/2005/NĐ-CP là cần thiết.

Khoản 2 Điều 1 dự thảo Nghị định sửa đổi quy định: “Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, khu bảo thuế, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, có quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu”. Tuy nhiên, theo bà Đặng Thị Bình An, Công ty TNHH Tư vấn Quản lý C&A, hiện chưa có văn bản pháp lý nào quy định quan hệ trao đổi hàng hóa giữa khu phi thuế quan với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu nhập khẩu. Do vậy, nên bổ sung quy định ngay tại khoản này để đảm bảo tính pháp lý của quan hệ trao đổi hàng hóa.

Tại Điểm b khoản 6 Điều 16: “Bộ Khoa học và Công nghệ xác nhận phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ để thực hiện việc miễn thuế quy định”. Tuy nhiên, trên thực tế, Bộ Khoa học Công nghệ đã từng từ chối làm việc này vì cho rằng Bộ không có chức năng và chưa có tiêu thức để xác nhận. Do vậy, cần có sự thống nhất giữa các bên khi đưa ra quy định này.

Khoản 15, 16 Điều 16: Danh mục vật tư, nguyên liệu, linh kiện trong nước chưa sản xuất được của dự án thuộc danh mục phụ lục I hoặc phụ lục II được miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn 5 năm. Nhiều ý kiến cho rằng phải đưa một khái niệm vật tư, nguyên liệu, linh kiện vì trong thực tế khi đưa danh mục miễn thuế, người nộp thuế sẽ nhận được ý kiến của cơ quan quản lý là hàng không thuộc vật tư, nguyên liệu, linh kiện,...

Khoản 4, khoản 6 Điều 19 quy định về việc hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu hoặc tái xuất, một số ý kiến đề nghị bỏ cụm từ “để sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc xuất khẩu ra nước ngoài”, vì hoàn thuế theo mục đích như vậy cần phải kiểm tra việc thực hiện mục đích nếu không thực hiện đúng sẽ thu lại số thuế đã hoàn. Hoạt động trong và ngoài khu phi thuế quan đã được coi là hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu thì nên tuân theo nguyên tắc: xuất khẩu thì hoàn lại số thuế đã nộp, nhập khẩu thì phải nộp thuế nhập khẩu. “Trong trường hợp hết thời hạn hội chợ, triển lãm hoặc kết thúc công việc nhưng chủ hàng lại không tái nhập hoặc tái xuất mà bán ngay tại nơi diễn ra hội chợ, triển lãm hoặc nơi thực hiện công việc thì việc xử lý về thuế là như thế nào, cần quy định rõ”- TS. Nguyễn Văn Tuyến,  Trường Đại học Luật Hà Nội nêu ý kiến. Theo ông Tuyến, đây là trường hợp xảy ra khá nhiều trong thực tiễn xuất, nhập khẩu hàng hóa giữa Việt Nam với các nước.

Đối với Khoản b Điều 21 quy định về các trường hợp phải truy thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, bà An cho rằng nên sửa lại cho rõ rằng: khai thiếu nghĩa vụ thuế hoặc phát hiện có sự gian lận trốn thuế thì phải truy thu đủ số thuế còn thiếu. Nếu ngày phát hiện sự khai thiếu, gian lận trở về trước trong phạm vi 5 năm (năm tính theo 365 ngày) thì ngoài việc nộp đủ số thuế thiếu, người nộp thuế còn bị phạt chậm nộp.

Bổ sung ý kiến bà An, TS. Nguyễn Văn Tuyến nói: cần phải sửa lại quy định này vì có sự mâu thuẫn giữa nội dung của đoạn đầu “phải truy thu thuế trong thời hạn 5 năm trở về trước kể từ ngày phát hiện có sự nhầm lẫn hoặc có sự gian lận…” với đoạn sau: “trường hợp ngày phát hiện nhầm lẫn hay gian lận quá 5 năm trở về trước thì đối tượng nộp thuế không bị xử phạt nhưng vẫn phải nộp đủ số tiền thuế thiếu (tức là vẫn truy thu) vào ngân sách nhà nước”.

Về Phụ lục I: Danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư, cần đưa ra một giải pháp để vừa thực hiện được ưu đãi thuế nhập khẩu cho lĩnh vực ưu đãi đầu tư nhưng vẫn quản lý được. Theo đó, người nộp thuế căn cứ lĩnh vực ưu đãi tự kê khai miễn thuế, nếu khi triển khai thực hiện không đảm bảo được điều kiện ưu đãi người nộp thuế tự khai báo bổ sung để nộp thuế. Trong trường hợp, doanh nghiệp không khai bổ sung cơ quan quản lý thuế phát hiện sẽ truy thu và phạt đối với hành vi gian lận trốn thuế. Tuy nhiên, cơ quan quản lý nhà nước cũng cần phải đưa ra các tiêu thức cụ thể để người nộp thuế có thể tự xác định được như thế nào là “phương tiện thủy vận tải công cộng hiện đại tốc độ cao”...